隨著二代測序成本的不斷降低以及三代、四代測序技術(shù)的快速發(fā)展，越來越多生物物種的全基因組序列被解讀出來，多組學(xué)數(shù)據(jù)呈現(xiàn)爆發(fā)性增長的態(tài)勢。然而，數(shù)據(jù)的高效挖掘和深度解析卻是生物學(xué)家面臨的又一難題。為了解決這一難題，中國科學(xué)院上海營養(yǎng)與健康研究所隸屬的中國科學(xué)院計算生物學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、北京基因組研究所、北京生命科學(xué)研究院、生物化學(xué)與細(xì)胞生物學(xué)研究所、上海生物信息技術(shù)研究中心、中國科學(xué)院動物進(jìn)化與遺傳前沿交叉卓越創(chuàng)新中心等多家單位組成聯(lián)合攻關(guān)團(tuán)隊(duì)，開發(fā)了一個針對生物進(jìn)化和多組學(xué)綜合分析的免費(fèi)軟件eGPS 1.0 (http://www.egps-software.org)，并提供免費(fèi)云計算服務(wù)。
eGPS軟件包括單機(jī)軟件版本eGPS Desktop和云計算eGPS Cloud，能夠在不同平臺下運(yùn)行，且利于開發(fā)，易于應(yīng)用。通過eGPS Cloud，將基因組分析、群體數(shù)據(jù)分析、進(jìn)化數(shù)據(jù)分析、網(wǎng)絡(luò)分析以及圖形可視化這五部分的分析有機(jī)整合起來，實(shí)現(xiàn)遠(yuǎn)程云計算功能，方便用戶在缺乏計算資源的情況下快速獲得運(yùn)算結(jié)果，并最終以圖形、圖表等形式直觀展示。通過eGPS Desktop，在無須上傳數(shù)據(jù)的情況下，用戶可以分析基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)的數(shù)據(jù)。同時eGPS Desktop還擁有完善的進(jìn)化分析流程。比如可以直接從基因組序列比對建立物種樹。在eGPS Cloud和其他開放式在線資源的支持下，eGPS Desktop提供了一鍵點(diǎn)擊從候選基因到基因樹的分析流程。
該項(xiàng)工作以“EGPS 1.0: Comprehensive software for multi-omic and evolutionary analyses”為題于2019年6月18日在線發(fā)表于National Science Review。該項(xiàng)研究得到中國科學(xué)院戰(zhàn)略先導(dǎo)項(xiàng)目“動物復(fù)雜性狀的進(jìn)化解析與調(diào)控”(XDB13000000)的資助。
原文鏈接: https://doi.org/10.1093/nsr/nwz079
圖A、eGPS Cloud網(wǎng)頁界面，共包括15個軟件以及20個可視化工具。
圖B、eGPS Desktop軟件界面，共包括3大類16個功能模塊，并且支持第三方插件。
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